Depuis le jour où une étoile a explosé, des humains ont soudainement développé des pouvoirs hors du commun. Ils sont appelés Altered.

Rei, le frère de Jin, est nommé à la tête du conseil des surhommes. La nouvelle déplaît à Jin qui a pourtant d'autres soucis avec l'enlèvement de Satoru, Mika et Enki.

Jin et ses amis ont été envoyés dans le district autonome n° 1. À peine leur nouvelle vie commencée que Jin se retrouve mêlé à une embrouille sur la voie publique.

Le chaos règne dans le manoir d’Asura. Après avoir échappé à sa première illusion, nos amis sont assaillis par les gardes de la sorcière de l’ouest.

Pendant que Satoru et les autres libèrent les otages, Jin et Kakuta continuent leur route. Ils se dirigent vers le dernier étage du Central Hall, mais leur chemin n'est pas de tout repos.

Une page s'est tournée sur l'Area D. Ce n'est plus une prison placée sous le contrôle de la communauté internationale, mais le bastion de la rébellion des altered.

Le nouvel adversaire de Ryô et ses camarades leur donne du fil à retordre. Le jeune agent infiltré dévoile enfin son pouvoir, mais le résultat n'est pas à la hauteur des espérances.