Depuis le jour où une étoile a explosé, des humains ont soudainement développé des pouvoirs hors du commun. Ils sont appelés Altered.

Rei, le frère de Jin, est nommé à la tête du conseil des surhommes. La nouvelle déplaît à Jin qui a pourtant d'autres soucis avec l'enlèvement de Satoru, Mika et Enki.

Jin et ses amis ont été envoyés dans le district autonome n° 1. À peine leur nouvelle vie commencée que Jin se retrouve mêlé à une embrouille sur la voie publique.

Le chaos règne dans le manoir d’Asura. Après avoir échappé à sa première illusion, nos amis sont assaillis par les gardes de la sorcière de l’ouest.

Pendant que Satoru et les autres libèrent les otages, Jin et Kakuta continuent leur route. Ils se dirigent vers le dernier étage du Central Hall, mais leur chemin n'est pas de tout repos.

À peine la résistance est-elle sortie du souterrain qu'une armée d'Altered surveillants l'attend de pied ferme.

Nos amis sont enfin au dernier étage du Central hall. Il ne reste plus qu'à arracher Mika des mains d'Owl-eye. Malheureusement, celle-ci n'est pas dans son état normal et se retourne contre Jin.