En 2270, trois croiseurs Klingons sont détruits par une force inconnue, toute l'action étant suivie par la station de la Fédération Epsilon 9. Peu de temps après, la station toute entière est détruite à son tour par la même force. Cette force se dirige vers le système solaire grande vitesse. La Fédération des Planètes Unies décide d'envoyer une expédition à sa rencontre pour tenter de l'intercepter. L'USS Enterprise, récemment remis à neuf, est le seul vaisseau capable d'arriver à temps. L'amiral Kirk reprend donc du service et Spock renonce provisoirement à sa retraite sur Vulcain...