Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju n° 9, Kafka ne parvient pas à se transformer.

Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n° 9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit...

Tandis que Reno, tout premier candidat compatible avec le modèle n° 6, poursuit son entraînement, Kafka redouble d'efforts pour apprendre les techniques martiales de Hoshina.

Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.

Démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace, Kafka se trouve face au directeur Isao Shinomiya, venu en personne procéder à son exécution.

Volant au secours d'Ichikawa et de Furuhashi, Kafka n'a d'autre choix que la métamorphose pour affffronter le kaiju humanoïde.

Un raid aérien s'abat sur la base de Tachikawa !