Natsu, Lucy et Happy retrouvent Wendy et Carla à la guilde de Lamia Scale où elles ont trouvé refuge suite à la dissolution de Fairy Tail.

Lucy, jeune magicienne, rêve de rejoindre la fameuse guilde de magiciens la Fairy Tail. Après sa rencontre avec Natsu et Happy, un chat intrépide, le rêve de Lucy devient réalité.

Wendy découvre que le roi d'Edolas a l'intention d'offrir à son royaume la magie éternelle, en lançant un cristal géant contre Extalia.

Suite à l'intervention de Carla et Wendy, la reine Chagot révèle la vérité à son peuple : Extalia est au bord du gouffre.

Erza et Gérald se battent contre Midnight, le plus puissant des Oracion Seis. Pendant ce temps Lucy, Grey, Natsu et Jera tentent de stopper le nirvana qui s'approche de la guilde des Cait Shelter.

Lucy affronte la terrible Angel, et Brain prend le contrôle du nirvana. Natsu et ses compagnons semblent être le dernier espoir pour empêcher le monde de sombrer dans les ténèbres.

Le combat contre Zero, le maître des Oracion Seis, fait rage et les membres de l'Alliance des guildes doivent unifier leurs forces pour parvenir à la victoire.

De retour sur l'île de Tenro après 7 ans Natsu et ses compagnons découvrent que Fairy Tail est la plus faible des guildes de Fiore.