Thomas se réveille sans aucun souvenir au milieu d'un labyrinthe dont les murs se déplacent toutes les nuits.

Thomas et les autres survivants regretteraient presque la vie dans le labyrinthe. Ils avaient de la nourriture, un abri et une certaine sécurité.

Treize ans avant que Thomas et d'autres survivants ne se retrouvent prisonniers d'un labyrinthe, une éruption solaire a frappé la Terre, et une épidémie frappe alors la côte est des Etats-Unis condamn

Thomas sait désormais qu'il ne peut pas faire confiance à Wicked. Il s'appuie sur les Blocards, de nouveau en possession de tous leurs souvenirs, pour achever le projet de Cure.