Dans ce volet final de la trilogie, César, à la tête des Singes, doit défendre les siens contre une armée humaine prônant leur destruction.

Wolverine est entraîné dans une aventure au coeur du Japon. Plongé dans un monde qu'il ne connaît pas, il doit faire face au seul ennemi de son envergure, dans une bataille à la vie à la mort.

Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d'humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt.

Tris et Quatre ont mis au jour un complot mené par la faction dominante, les Erudits, dirigés par Janine.