Thomas et ses acolytes vont découvrir le monde extérieur ravagé par l'Apocalypse. Le Labyrinthe n'était que le début. La Terre Brûlée est leur seconde épreuve. Mais pourquoi doivent-ils combattre ?

22 novembre 1963. John F. Kennedy, 35ème Président des États-Unis, vient d'être assassiné à Dallas.

Thomas, 16 ans, se réveille dans un ascenseur. Il ne sait plus qui il est ni d'où il vient, et ne semble se rappeler que de son prénom.