Après la mort de ses parents en Inde, Mary, petite fille renfermée, désagréable et malingre, est recueillie par un oncle toujours absent dans un sombre et étrange manoir perdu sur la lande anglaise. Là, elle va s'ouvrir à la vie et changer grâce à la recherche d'un jardin mystérieux, la rencontre d'un premier ami, jusqu'à se transformer tant physiquement que moralement.