Après l'attaque extraterrestre qui a pratiquement éradiqué la vie sur Terre, les survivants s'organisent.

Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d'humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt.

Dans ce volet final de la trilogie, César, à la tête des Singes, doit défendre les siens contre une armée humaine prônant leur destruction.