Il y a vingt mille ans, à l'aube de l'ère glaciaire, trois créatures particulièrement mal assorties se retrouvent liées par un caprice du destin.

L'éternelle quête de Scrat pour attraper son insaisissable gland le catapulte dans l'espace, où il déclenche accidentellement une série d'événements cosmiques qui vont transformer et menacer le monde.