Avec le réveil des deux Pokémon légendaires Gourdon et Kyogre, la région de Hoenn doit faire face à un terrible danger.

Red s'introduit dans le laboratoire du professeur Chen et permet aux Pokémon de s'échapper dans la nature.

La ligue Pokémon est sur le point de débuter ! Mais l'Homme masqué aidé par la Team Rocket compte bien gâcher la fête ! Or, Argent et Cristal réussiront-ils à contrecarrer ses sombres desseins !?

Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.