Avec le réveil des deux Pokémon légendaires Gourdon et Kyogre, la région de Hoenn doit faire face à un terrible danger.

Red s'introduit dans le laboratoire du professeur Chen et permet aux Pokémon de s'échapper dans la nature.

Une nouvelle grande aventure s'offre à vous sur les routes de la région de Johto! Suivez Or, un jeune Dresseur arrogant et sûr de lui à la poursuite d'Argent, un mystérieux voleur de Pokémon!

La ligue Pokémon est sur le point de débuter ! Mais l'Homme masqué aidé par la Team Rocket compte bien gâcher la fête ! Or, Argent et Cristal réussiront-ils à contrecarrer ses sombres desseins !?