Jacob Portman, 16 ans, a grandi avec les récits fabuleux de son grand-père, juif polonais, envoyé sur une île du pays de Galles pour échapper à la menace nazie. Recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un orphelinat pour enfants "particuliers", il a côtoyé des enfants doués de capacités surnaturelles. Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une horrible créature. En partant sur l'île en quête de vérité, il découvre l'ancien pensionnat en ruines et n'a plus aucun doute : les enfants particuliers ont existé. Et s'ils étaient toujours en vie ?