Dans le second volet de ses aventures, l'ex-espion amnésique Jason Bourne avait retrouvé l'instigateur du programme Treadstone pour le liquider. Il s'estimait alors vengé de tous les malheurs qui lui étaient arrivés (dont le meurtre de sa femme) depuis qu'il avait été manipulé par ce sinistre chef de service de la CIA, et n'avait plus qu'un désir : oublier et vivre en paix. Mais dans ce troisème volet, le Département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason redevient l'homme à abattre et la traque recommence, de Moscou à Paris, de Madrid à Londres et Tanger...