Dirigé par le capitaine John Blackthorne, l'Erasme s'est perdu en mer à la recherche des côtés japonaises. Son équipage est épuisé, malade, et le scorbut commence à se propager dans ses rangs. Après s'être échoués, ils sont faits prisonniers par des samouraïs locaux. Bien vite, Blackthorne va devoir se familiariser avec des moeurs et des visions très différentes des siennes. Il ne tarde pas à croiser la route du puissant Toranaga, un daimyô dont la soif de pouvoir risque d'aboutir à une guerre civile. Ainsi que celle de Mariko, une samouraï aux compétences inestimables, mais aux liens familiaux déshonorants.